全自動蛋白免疫印跡處理系統(tǒng)在實驗中可能出現(xiàn)的常見問題主要包括信號弱或無信號、背景高、多帶現(xiàn)象、條帶異常等，以下是對這些問題的詳細分析：
信號弱或無信號
一抗和二抗不匹配：二抗需和一抗宿主的物種相同，例如一抗來自鼠，二抗則應是抗鼠抗體。
抗體濃度不足：使用高濃度抗體，并在4℃條件下延長孵育時間，如過夜孵育。
封閉劑與抗體交叉反應：使用溫和的去污劑如吐溫-20，或更換封閉劑（如脫脂奶粉、BSA、血清、明膠）。
一抗不識別待檢物種的蛋白：參照說明書，對比免疫原序列和蛋白序列，確保抗體和目的蛋白會發(fā)生反應，并設置陽性對照。
蛋白上樣量不足：每條泳道蛋白上樣量一般不超過20μg，使用蛋白酶抑制劑并設置陽性對照。
轉膜不充分：使用可逆染色劑檢測轉膜效果，檢查轉膜操作是否正確，如PVDF膜需預先浸在甲醇中，然后浸到轉移緩沖液中。
一抗失效：使用新鮮抗體，避免重復使用導致有效濃度降低。
二抗受疊氮鈉抑制：避免疊氮鈉和HRP標記抗體一起使用。
檢測試劑盒過期或底物失活：使用新鮮的底物。
背景高
未進行特異性封閉或封閉不充分：延長封閉時間，考慮更換合適的封閉劑。
一抗或二抗?jié)舛冗^高：稀釋抗體至合適濃度，或以更高稀釋度抗體延長孵育時間。
二抗與封閉劑非特異性結合或反應：設置二抗對照（不加一抗）。
未結合蛋白質(zhì)洗滌不充分：增加洗滌次數(shù)。
膜干燥：在孵育過程中防止膜變干，每一步都要保證膜有充分的反應液，可放入攪拌子不斷攪動或輕輕震蕩使膜浸在溶液中。
選膜不當：硝酸纖維素膜（NC膜）比PVDF膜背景低，可根據(jù)實驗需求選擇合適的膜。
多帶現(xiàn)象
細胞傳代次數(shù)過多，蛋白表達不同：使用原始未傳代的細胞株，和現(xiàn)在的細胞株一起做平行對照實驗。
體內(nèi)表達的蛋白樣本具有多種修飾形式：如乙酰化、甲基化、烷基化、磷酸化、糖基化等，可使用試劑使樣品去磷酸化、去糖基化來證明翻譯后的修飾。
蛋白樣本降解：在樣品緩沖液中加入足夠的蛋白酶抑制劑。
檢測到未經(jīng)報道過的新蛋白或同一蛋白家族中具有相似表位而結構不同的蛋白：查閱其他文獻報道，或使用BLAST搜尋，使用說明書推薦的細胞株或組織。
一抗?jié)舛冗^高：降低抗體濃度和/或孵育時間。
條帶異常
背景有不均勻的白色斑點：轉膜時膜上有氣泡或抗體在膜上分布不均，轉膜過程中應盡量去除氣泡，抗體孵育時保持搖動。
背景有黑色斑點：抗體結合了封閉劑，可過濾封閉劑。
深背景出現(xiàn)白色條帶：一抗或二抗加入過多，應稀釋抗體的濃度。
目的條帶染色過低/過高，分離不徹底：改變凝膠比例，分子量大的蛋白用低濃度膠，分子量小的蛋白用高濃度膠。
條帶“微笑”效應：遷移過快或電泳溫度過高改變了pH值和遷移速度，可降低遷移速度或低溫電泳（如在冷庫或冰上進行）。
相同蛋白雜交出現(xiàn)不均勻條帶：制備凝膠時凝膠凝固太快，致使泳道中丙烯酰胺的比例不均勻，可參照凝膠的配方，在凝膠中加入適量TEMED，放置時在凝膠頂部加入適量1%SDS（水稀釋）以防凝膠變干。
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